MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Iowa chromosome

Total Repeats: 24582

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010263	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932550
2	NC_010263	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932550
3	NC_010263	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932550
4	NC_010263	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932550
5	NC_010263	T	6	6	293	298	0 %	100 %	0 %	0 %	165932550
6	NC_010263	ATG	2	6	392	397	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932550
7	NC_010263	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932550
8	NC_010263	GTA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932550
9	NC_010263	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932550
10	NC_010263	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932550
11	NC_010263	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932550
12	NC_010263	AT	3	6	787	792	50 %	50 %	0 %	0 %	165932550
13	NC_010263	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	165932550
14	NC_010263	ATA	2	6	812	817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932550
15	NC_010263	ATA	2	6	1196	1201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932551
16	NC_010263	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	165932551
17	NC_010263	TGA	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932551
18	NC_010263	GTA	2	6	1293	1298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932551
19	NC_010263	CAA	2	6	1355	1360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932551
20	NC_010263	A	7	7	1359	1365	100 %	0 %	0 %	0 %	165932551
21	NC_010263	TAA	2	6	1384	1389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932551
22	NC_010263	TCT	2	6	1503	1508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932552
23	NC_010263	A	6	6	1511	1516	100 %	0 %	0 %	0 %	165932552
24	NC_010263	TC	3	6	1521	1526	0 %	50 %	0 %	50 %	165932552
25	NC_010263	A	6	6	1581	1586	100 %	0 %	0 %	0 %	165932552
26	NC_010263	AT	3	6	1646	1651	50 %	50 %	0 %	0 %	165932552
27	NC_010263	TA	3	6	1764	1769	50 %	50 %	0 %	0 %	165932552
28	NC_010263	ATA	3	9	1767	1775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932552
29	NC_010263	A	7	7	1793	1799	100 %	0 %	0 %	0 %	165932552
30	NC_010263	GTA	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932552
31	NC_010263	TGA	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932552
32	NC_010263	GAA	2	6	1990	1995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932552
33	NC_010263	AAT	2	6	2020	2025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932552
34	NC_010263	AAG	2	6	2037	2042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932552
35	NC_010263	TTA	2	6	2075	2080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932552
36	NC_010263	CAA	3	9	2138	2146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932552
37	NC_010263	T	8	8	2170	2177	0 %	100 %	0 %	0 %	165932553
38	NC_010263	A	6	6	2180	2185	100 %	0 %	0 %	0 %	165932553
39	NC_010263	T	6	6	2245	2250	0 %	100 %	0 %	0 %	165932553
40	NC_010263	T	6	6	2305	2310	0 %	100 %	0 %	0 %	165932553
41	NC_010263	T	6	6	2314	2319	0 %	100 %	0 %	0 %	165932553
42	NC_010263	GA	3	6	2332	2337	50 %	0 %	50 %	0 %	165932553
43	NC_010263	CGG	2	6	2359	2364	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	165932553
44	NC_010263	AGC	2	6	2390	2395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932553
45	NC_010263	ATA	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932553
46	NC_010263	A	7	7	2440	2446	100 %	0 %	0 %	0 %	165932553
47	NC_010263	T	7	7	2464	2470	0 %	100 %	0 %	0 %	165932553
48	NC_010263	TA	3	6	2496	2501	50 %	50 %	0 %	0 %	165932553
49	NC_010263	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	165932553
50	NC_010263	ATA	2	6	2573	2578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932553
51	NC_010263	TAA	2	6	2604	2609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932553
52	NC_010263	TG	3	6	2612	2617	0 %	50 %	50 %	0 %	165932553
53	NC_010263	TTAT	2	8	2697	2704	25 %	75 %	0 %	0 %	165932553
54	NC_010263	AT	3	6	2756	2761	50 %	50 %	0 %	0 %	165932553
55	NC_010263	ATG	2	6	2834	2839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932553
56	NC_010263	TAT	2	6	2854	2859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932553
57	NC_010263	TTA	2	6	2868	2873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932553
58	NC_010263	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	165932553
59	NC_010263	TTAT	2	8	2919	2926	25 %	75 %	0 %	0 %	165932553
60	NC_010263	A	6	6	2983	2988	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
61	NC_010263	CTC	2	6	3065	3070	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	165932554
62	NC_010263	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	165932554
63	NC_010263	ATT	2	6	3076	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
64	NC_010263	ATT	2	6	3089	3094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
65	NC_010263	T	6	6	3132	3137	0 %	100 %	0 %	0 %	165932554
66	NC_010263	AAG	2	6	3161	3166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
67	NC_010263	ATT	2	6	3202	3207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
68	NC_010263	A	7	7	3246	3252	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
69	NC_010263	A	6	6	3263	3268	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
70	NC_010263	AACT	2	8	3302	3309	50 %	25 %	0 %	25 %	165932554
71	NC_010263	AAT	2	6	3354	3359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
72	NC_010263	AGA	2	6	3375	3380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
73	NC_010263	AGA	2	6	3390	3395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
74	NC_010263	AGC	2	6	3405	3410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932554
75	NC_010263	TGC	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	165932554
76	NC_010263	TG	3	6	3437	3442	0 %	50 %	50 %	0 %	165932554
77	NC_010263	A	7	7	3517	3523	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
78	NC_010263	A	7	7	3536	3542	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
79	NC_010263	GA	3	6	3544	3549	50 %	0 %	50 %	0 %	165932554
80	NC_010263	T	6	6	3573	3578	0 %	100 %	0 %	0 %	165932554
81	NC_010263	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
82	NC_010263	TATT	2	8	3615	3622	25 %	75 %	0 %	0 %	165932554
83	NC_010263	GTT	2	6	3644	3649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	165932554
84	NC_010263	GAG	2	6	3685	3690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	165932554
85	NC_010263	TTGC	2	8	3745	3752	0 %	50 %	25 %	25 %	165932554
86	NC_010263	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
87	NC_010263	TAT	2	6	3846	3851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
88	NC_010263	GCA	2	6	3874	3879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932554
89	NC_010263	AGA	2	6	3972	3977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
90	NC_010263	AT	3	6	4006	4011	50 %	50 %	0 %	0 %	165932554
91	NC_010263	CTA	2	6	4067	4072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932554
92	NC_010263	TAT	2	6	4123	4128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
93	NC_010263	TTA	2	6	4129	4134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
94	NC_010263	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	165932554
95	NC_010263	TGT	2	6	4149	4154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	165932554
96	NC_010263	AT	3	6	4316	4321	50 %	50 %	0 %	0 %	165932554
97	NC_010263	AG	3	6	4335	4340	50 %	0 %	50 %	0 %	165932554
98	NC_010263	ATA	2	6	4343	4348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
99	NC_010263	TA	3	6	4423	4428	50 %	50 %	0 %	0 %	165932554
100	NC_010263	GGC	2	6	4594	4599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	165932554
101	NC_010263	GCA	2	6	4618	4623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932554
102	NC_010263	A	6	6	4645	4650	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
103	NC_010263	TA	3	6	4675	4680	50 %	50 %	0 %	0 %	165932554
104	NC_010263	GAA	2	6	4717	4722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
105	NC_010263	AAG	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
106	NC_010263	AAT	2	6	4759	4764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
107	NC_010263	GAA	2	6	4765	4770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
108	NC_010263	TAA	2	6	4785	4790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
109	NC_010263	CTA	2	6	4809	4814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932554
110	NC_010263	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	165932554
111	NC_010263	GAG	2	6	4858	4863	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	165932554
112	NC_010263	AT	3	6	4867	4872	50 %	50 %	0 %	0 %	165932554
113	NC_010263	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932554
114	NC_010263	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	165932554
115	NC_010263	AAG	2	6	5201	5206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
116	NC_010263	ACG	2	6	5210	5215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	165932554
117	NC_010263	ATA	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
118	NC_010263	ATT	2	6	5288	5293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
119	NC_010263	TAA	2	6	5310	5315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
120	NC_010263	AATA	2	8	5316	5323	75 %	25 %	0 %	0 %	165932554
121	NC_010263	GAT	2	6	5329	5334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932554
122	NC_010263	ATTC	2	8	5353	5360	25 %	50 %	0 %	25 %	165932554
123	NC_010263	TGC	2	6	5367	5372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	165932554
124	NC_010263	T	6	6	5395	5400	0 %	100 %	0 %	0 %	165932554
125	NC_010263	ATT	2	6	5411	5416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
126	NC_010263	TGC	2	6	5424	5429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	165932554
127	NC_010263	CTA	2	6	5519	5524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932554
128	NC_010263	AGT	2	6	5556	5561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932554
129	NC_010263	CGC	2	6	5582	5587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	165932554
130	NC_010263	A	7	7	5605	5611	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
131	NC_010263	TTG	2	6	5618	5623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	165932554
132	NC_010263	TTA	2	6	5647	5652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932554
133	NC_010263	ATA	2	6	5669	5674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
134	NC_010263	TAA	2	6	5738	5743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
135	NC_010263	ATA	2	6	5761	5766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
136	NC_010263	GAA	2	6	5767	5772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932554
137	NC_010263	A	6	6	5784	5789	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
138	NC_010263	ATA	2	6	5815	5820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	165932554
139	NC_010263	ATG	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932554
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141	NC_010263	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	165932554
142	NC_010263	A	6	6	5993	5998	100 %	0 %	0 %	0 %	165932554
143	NC_010263	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	165932554
144	NC_010263	T	7	7	6084	6090	0 %	100 %	0 %	0 %	165932555
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159	NC_010263	TAC	2	6	6842	6847	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	165932556
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162	NC_010263	ATT	3	9	6899	6907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932556
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249	NC_010263	TAT	2	6	11891	11896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	165932565
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256	NC_010263	AATT	2	8	12193	12200	50 %	50 %	0 %	0 %	165932566
257	NC_010263	CTT	2	6	12207	12212	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932566
258	NC_010263	T	6	6	12211	12216	0 %	100 %	0 %	0 %	165932566
259	NC_010263	AC	3	6	12239	12244	50 %	0 %	0 %	50 %	165932566
260	NC_010263	TA	3	6	12276	12281	50 %	50 %	0 %	0 %	165932566
261	NC_010263	TTC	2	6	12295	12300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932566
262	NC_010263	TTC	2	6	12839	12844	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	165932567
263	NC_010263	AGA	2	6	12891	12896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	165932567
264	NC_010263	A	8	8	12980	12987	100 %	0 %	0 %	0 %	165932567
265	NC_010263	TGA	2	6	13001	13006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	165932567
266	NC_010263	CAA	2	6	13009	13014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	165932567
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